Monday, January 31, 2011

Free genetic manipulation.

This is the summary of a summary.
Teachers in france have been offered the opportunity to teach their 16 year old students, how to genetically modify bacteria.
Agencies that advocate for strictier control of genitical engineering, such as CRIIGEN. They are concerned of modified E. coli cells, inserted with an ampicilin resistance plasmid, breaking out from the classroom to the environment.
But of course that those who manufacture E. coli manipulation kits, say that the practical is a useful tool for students and there is no risk in it. They sustain that the kit is equipped with sterilization procedures.
I support the opinion given by Valérie Sipahimalani, national secretary in charge of biology and geology for the National Union of Secondary Teachers. "Personally, I don't believe in teaching manipulation for manipulation's sake," she says. "More importantly, DNA takes a lot of time to explain — it is very complicated for secondary school-students to understand."

What do you think???

reference
http://www.nature.com/news/2011/110131/full/news.2011.61.html

Wednesday, January 19, 2011

Open access journals

This past few months have been harsh on studies.
Budgets for scolarships and study incentives are being decreased on some parts of the globe. (http://www.bbc.co.uk/podcasts/series/newspod#playepisode1)

In spite of oportunities becoming more scarce, there are still a few things we can benefit of...
Someone had mentioned this to me before, but because of my unaware nature i didn´t look into it, but i found a lot of open access journals on this page... http://www.doaj.org/
Lets take advantage of it while we can.

Wednesday, January 12, 2011

Machines are taking over!!

The tittle is a little exaggerated for what the post is about.
I read a paper published on 2009 so it's old, however i found it interesting.
Reflecting upon it, led me to the next train of thought:

We are aware that in our knowledge as humans, there are still great gaps, and we are yet to unravel nature's mysteries. The universe reminds us of our unmatured minds everytime it throws data that contradicts previous established dogmas, and we experience a paradigm shift or change.
Even so, in my opinion the paramount of science is far away but our knowledge is still advanced, sometimes i think it might be too advanced. The way of how biological systems are unable to cope with the changes provoked by our advances is an indicator of that.
Nonetheless we keep pressing forward. But in reality we must recognize our dependency on machines, since with these paper one can see that without computers our minds are not ready to process all the information we generate, however unlike our fellow machines we are able to interpret the processed data.
The paper compares protein families of different phylums that have their species completely sequenced. It then concludes something we all know but no one had processed and published, that protein families are greater as the number of genomes increase in a phylum.... seems logical huh?
But something really amazing when the group reprocessed all the data of the 4 different phylums was that they found an actin homologues in Haliangium ochraceum ¿?¿? (cri cri)
It is surprising because actin is a protein of the cytoskeletal of cells that is found in all eukaryotes and eukaryotes alone, while in the other two domains that cell shaping protein is substituted by MreB. MreB is considered distantly related to actins.

I won't spoil anymore...
Give laud to bioinformatics

References

Wu et al. 2009. A phylogeny-driven genomic encyclopaedia of Bacteria and Archaea. Nature Letters, vol 462, 1056-1060.

Wikipedia

Thursday, January 6, 2011

Nuevo Año: tiempo de pronósticos, tiempo de deseos

Del artículo de Van Noorder, Ledford y Mann en Nature [1].


Se ha publicado a penas el 31 de diciembre las predicciones de la revista Nature para el mundo científico este 2011. No sé exactamente por qué, pero el artículo me ha recordado al ritual ese de las doce uvas. Doce uvas, doce deseos, uno por mes.

Ya sé que aquí no son doce, son trece, y que lo que Nature puso no son deseos, son pronósticos. Pero yo digo que si los pronósticos son estimaciones o consideraciones realizadas bajo incertidumbre, ¿a poco en condiciones de incertidumbre no se piensa o considera también lo que se quiere o “se desea”?… entonces la analogía es válida.

Bueno pues, he aquí las trece uvas científicas de esta comunidad.

1. Visitar más a los abuelos. Así es, parte de esta búsqueda humana pretende conocer el pasado, no hay duda. El proyecto NEEM [2] (por sus siglas en inglés) estará dando información este año sobre las muestras de hielo recolectadas en el noreste de Groenlandia. Las muestras darán información del periodo interglaciar Riss-Würm [3], o sea hace como 115 000 años. Se espera que esto nos deje entender la dinámica de las condiciones climáticas y nos ayude a ver qué le vamos a hacer a este calentamiento global. ¡Suerte al equipo del NEEM!

2. Mantenerse en forma. Bien, pues si alguna vez se han comido las doce uvas antes del año nuevo seguro que mínimo una incluye “hacer ejercicio” o simplemente “cuidar la salud”. El proyecto GWAS [4] (otra vez por su nombre en inglés) que por lo que dice aquí busca las relaciones de los genes asociados a enfermedades en muchos individuos de una sola especie, avanzará provechosamente. El pronóstico es que para este año se hagan más esfuerzos y se entienda mejor la función de tales genes y de las regiones que al parecer no poseen función en el genoma con enfermedades como la obesidad y la diabetes. Así que ¡a cuidar la salud… a cuidar los genes!

3. No tomar tantos medicamentos. En la ola de lo natural las células madre están listas para más estudio. Ahora resulta que si todo sale bien este año se darán más pasos hacia el descubrimiento de nuevas medicinas para diferentes desordenes. Personalmente me pareció una uva muy interesante, esperemos pues…

4. Ahorrar. Hago un llamado a los terrícolas y demás interesados: ¡Ahorremos! El preció del genoma humano caerá a 1 000 dólares por genoma… por ahora no completo, pero lo tendré en cuenta. Me queda tiempo antes de que las nuevas máquinas y las nuevas técnicas lleguen y hagan que el precio fluctúe demasiado.

5. Estudiar más. Acabo de conocer la “existencia” del bosón de Higgs. Atentamente Wikipedia me ha explicado que es una partícula elemental de suma importancia en la comprensión de la física de las partículas, algo al parecer crucial para entender la estructura de la materia. Desafortunadamente la partícula no se ha dejado “pintar” en el Gran Colisionador de Hodrones (GCH) que está en Suiza. En esas andarán este año el equipo del Laboratorio Nacional Fermi (Fermilab). ¡Ánimo chavos!

6. No mentir. Nada será oculto ahora. Hay experimentos subterráneos, como el XENON100, que están a la caza de partículas de materia oscura, se espera que los resultados sean conocidos este año. No entiendo mucho de eso, pero suena muy interesante, estaremos al pendiente.

7. Darse de alta en el servicio de salud. Este 2011 traerá la aprobación de un medicamento para el tratamiento del virus de la hepatitis C por parte de la FDA. Buenas noticias para el 3% de la población mundial.

8. Comprar una casa. ¡Otra Tierra! Descubrí que quiero dedicarme a la caza de planetas. Fíjense que los cazadores de planetas de la NASA dicen que el telescopio Kepler revelará un planeta con condiciones similares a las de la Tierra, ¡pero igualito como la gota del agua! Porque hasta sol tiene. Los datos se publicarán este año. Esperemos, esperemos.

9. Hacer buenos negocios. Ándele, que ya se pueden hacer estudios multicelulares, donde a partir de la colonia entera es posible ver que una a una las células produzcan fluorescencia. Entonces no desde una célula, si no desde una colección de ellas se buscará conocer el trabajo en equipo que toda la colonia desarrolla en la generación de productos útiles. Bien por la biología sintética.

10. Viajar. ¿Quién no quiere viajar este 2011? ¡Todos queremos viajar! Pues la NASA también tiene planes para viajar hasta la Estación Espacial Internacional en abril y a lo mejor en noviembre. Ojalá también por aquí haya más “bon voyages”.

11. Ser amable con los vecinos. Y eso implica ir de vez en cuanto a darles la vuelta. La NASA está planeando para el 2011 algunas misiones al planeta rojo y a Júpiter. ¡Suerte NASA!.. ¡Llévame!

12. Estrenar. El laser más poderoso del mundo, en el NIF [5] (inglés otra vez) al parecer será estrenado este año. La palabra “militar” en un proyecto no sé por qué pero no me anima mucho. Una uva fea.

13. Darle mantenimiento a la casa. Se publicarán este año los resultados obtenidos de un satélite de la Agencia Espacial Europea, el cual que se diseñó para medir la gravedad de la tierra súper detalladísimamente. Con eso se irá monitoreando entonces los niveles que alcanzan los mares. A esperar nuevamente.

Listo 2011!! Ya veremos qué pasará.
Los remito a la nota de Nature [1]. Y también al podcast http://www.nature.com/nature/podcast/index-2011-01-06.html, aquí hablan sobre lo que pasó este 2010 y sobre el futuro también se discute. Además encontrarán los pronósticos que la revista hizo para el año que ya dejamos, muy interesante. Saludos y buen año.

[1] Van Noorder, R., Ledford, H. y Mann, A. 2010. Ney year, new science. Nature 469, 12: doi:10.1038/469012a.
[2] NEEM es The North Greenland Eemian Ice Drilling, más información aquí: http://neem.nbi.ku.dk/ (en inglés)
[3] No sé por qué, pero parece que los periodos interglaciares se nombran diferente en inglés y en español, Riss-Würm es equivalente a Eemian.
[4] GWAS es Genome-wide association study.
[5] NIF son las siglas de The National Ignition Facility.

Wednesday, January 5, 2011

"Because of their knowledge, scientific researchers have a power that makes them DANGEROUS" - Mexicans says...


Daunting news about the level of education and knowledge of the Mexican population, reveal that more than the half of Mexicans trusth "too much in faith* and barely in science".



http://mx.news.yahoo.com/s/05012011/90/n-mexico-mexicanos-consideran-peligrosos-cientificos.html

http://espanol.news.yahoo.com/s/05012011/103/latinoamerica-confian-mas-limpias-amuletos.html


I invite you to read this note of VANGUARDIA to know about the statistics obtained by CONACYT and discuss the issue:

http://www.vanguardia.com.mx/mexicanostemenalaciencia-625069.html


My personal comment will be posted has a COMMENT to this POST ENTRY.



* The reference to faith is exaclty as the expressed in the articles above, BIOREMEDIATION LAGUNA GROUP respects all personal and religious belief, therefore avoiding the religious character mentions, we discuss science and related issues.