Tuesday, August 27, 2013

WVSU Experience

25 Agosto 2013


Después de 9 horas en el aeropuerto de Dallas, por fin tomé el ultimo vuelo hacia Torreón, pero primero hay muchas cosas que contar ...

El pasado 25 de julio de 2013 me encontraba esperando un vuelo rumbo a Charleston WV (con un par de escalas). Fueron 31 días los que estuve fuera de casa pero igual me sentí dentro de un hogar. Ese mismo día aproximadamente a las 7pm arribamos a Charleston WV, y en ese momento se cumplía un sueño que había tenido desde hace bastante tiempo. De inmediato nos llevaron al departamento y nos instalamos, al siguiente día fue el primero en el laboratorio del Doctor David Huber en la West Virginia State University, conocimos al doctor, una persona muy amable y agradable a quien en varias ocasiones había oído mencionar por otros de mis compañeros del lab, hablamos un poco de los proyectos que se están realizando y nos dio la bienvenida. Después fuimos a conocer el que seria nuestro laboratorio por un mes y a trabajar, después de terminar de conocer a los demás chavos que forman parte del lab fuimos a conocer la planta piloto, tomamos muestra para estar trabajando durante ese tiempo, después regresamos al lab. Para comenzar realizamos extracción de ADN, prosiguiendo con varias electroforesis, de igual manera PCRs, aprendimos a usar el famoso nanodrop, también realizamos extracción de RNA, todo con asesoría de los chavos encargados de los laboratorios, ya en los ultimos dias realizamos clonacion, insertando productos de PCR en E.Coli, todo siguiendo los kits adecuados para cada técnica  Para toda técnica o procedimiento, se lee el protocolo antes de comenzar, se realiza y se espera un resultado el cual en varias ocasiones no fue el esperado pero no por eso dejamos de intentar, ya que, cabe mencionar, teníamos todas las facilidades para practicar. Pienso que solo así se puede perfeccionar la realización de una técnica y obtener el resultado esperado.
Cambiando un poco de tema, conocí a muchas personas de diversas partes del mundo, algunos con 10 años viviendo acá, otros con apenas una semana de haber llegado, es muy grato platicar con personas a las que no se les cierra el mundo, es decir, salen de su país buscando una mejor oportunidad de estudios o incluso de vida, eso motiva para que a nosotros tampoco se nos haga algo imposible estudiar en otro país y residir ahí por un largo tiempo sin papás, sin tu cama, casa, familia, etc., pero con la oportunidad de mejorar, con la visión al frente, con la vista bien puesta en la superación personal y académica.
Esta experiencia me ayudo en muchos aspectos, desde comprender conceptos básicos hasta nuevas e innovadoras tecnologías usadas en la investigación  al igual me di cuenta que vivir alejado de la común atmósfera rutinaria te ayuda a pensar, te pone de frente ante una situación en la que tienes que aprender a madurar y a pensar en tu futuro. Chavos: El idioma, suuuper importante !.
Estar acá me ayudo a esclarecer cosas de mi trabajo en lab, debido a que los chavos estudian la digestión anaerobia fue grato entablar una conversación sobre el tema con "cheve" y Natalia, o perderle el miedo a lo molecular y platicarlo con Arge, escuchar el interesante y siempre divertido punto de vista de Aldo, o tomar de ejemplo el esfuerzo y la dedicación de Ale a su trabajo y por otro lado pensar: ¿Que voy a ser en el futuro? ¿Que voy a hacer después de graduarme? ¿Maestría? ¿Doctorado?, son mil cosas las que piensas al estar en otro ambiente, y digo otro ambiente solo porque estaba a varios kilómetros de distancia, porque el contexto es el mismo: Chavos, estudiantes, o como lo quieran llamar, en un lugar llamado laboratorio, haciendo algo llamado "ciencia".
Todos podemos, el mundo esta ahí, la ciencia ... pues siempre sera ciencia jaja.
A los chavos del lab: Los conozco lo suficiente para saber que si nosotros queremos, nos podemos comer al mundo siempre y cuando nos preparemos bien, tenemos la capacidad y el conocimiento.
Me despido porque ya llegaremos a Torreón  no sin antes agradecerle a la persona que me cambio mi manera de ver las cosas, Doctor Nagamani: Thanks so much.

-Isco.



Thursday, August 22, 2013

Lectura para toda ocasión

A lo largo de la vida ocurren sucesos que no tienen importancia en su momento, otros que toman un tiempo extra de tí para buscar la razón de ello y sin embargo no con frecuencia se tiene la suficiente madurez para reconocer que todo tiene un motivo de ser.

¿Que dirias si al morir todas esas dudas quedaran aclaradas?
Si encontraras a ciertos extraños y al conversar con ellos resuelvas un tiempo de vida más largo; cuando en su momento ignoraste el verdadero motivo de ciertos accidentes.
Para darnos una idea de lo que puede suceder al momento de fallecer, Mitch Albom nos relata una historia de un anciano cansado de su trabajo y la rutina creyendo que no hay nada de bueno en eso, pues su esposa murió y a él no tarda en visitarlo la muerte.
Pero para su sorpresa encuentra a cinco personas las cuales le dan sentido a su ya agotada vida.
Una historia excelente que binda una moraleja: No esperes a morir para valorar la vida.

Tuesday, August 13, 2013

Aguja en un pajar ...

Hola a todos ! :) recientemente me encontré con esto, la imagen corresponde al eXtrem Deep Field (XDF), es una imagen creada a partir de una compilación de 10 años de imágenes tomadas por el telescopio espacial Hubble, y es solo una pequeñísima parte del espacio ! la imagen fue lanzada en septiembre del año pasado (2012) y muestra galaxias de aproximadamente 13.2 billones de años de antigüedad, la otra imagen hace una comparación entre el tamaño del XDF y la luna, lo cual nos muestra que solo es una pequeña parte del universo la que estamos observando ! les dejo el link donde encontré la información por si quieren conocer un poco mas ;) espero les guste, Saludos !

http://www.nasa.gov/mission_pages/hubble/science/xdf.html



Friday, June 28, 2013

Felicidades Edy y Sara!

Felicidades a Edy y Sara, por su defensa de Tesis para obtener su grado de Ing. Bioquímica de forma exitosa. Sabemos del esfuerzo, trabajo y dedicación a lo largo de su estancia en el Laboratorio.
Esperamos que su aprendizaje a lo largo de estos últimos meses las ayude a continuar con su carrera profesional de forma exitosa.
Felicidades! Se les extrañará en el Lab.





Wednesday, June 26, 2013

Felicidades Lorena!

Felicidades a Lorena, por su exitosa defensa de Tesis para obtener su grado de Ing. Bioquímico, recibiendo mención honorifica por su trabajo realizado en colaboración con el Instituto de Biotecnología de la UNAM, bajo la co-dirección del Dr. Ricardo Oropeza, a quién agradecemos el noble gesto de viajar y participar en el examen profesional de Lorena.

Estamos seguros que tu trabajo será la base para más estudios que se desarrollarán en el Laboratorio y de gran realce para el estudio de sistemas anaerobios en Tiempo Real.

Felicidades y en Hora Buena, Bien Hecho Lorena!

Friday, May 17, 2013

Felicidades Eliab!

Felicidades Eliab for successfully defending your work with honors against a volley of really interesting & tough questions from your board of examiners. You really demonstrated your abilities in maintaining your nerve and relating the aspects you learned all through your graduate program. Of course, the credit goes to Dr. German Calderon & Dr. Erick Sierra too in realizing this work. 

We are hopeful that your work will form the base for more interesting future works to emerge from our lab on attending the problems of biodigesters with a new perspective and at the same time consolidating collaboration of our Biorem with Dr. Erick Sierra of Facultad de Quimicas of UJED at Gomez Palacio, Dr. Ricardo Oropeza of IBT of UNAM at Cuernavaca & Dr. David Huber at WVSU, WV, USA. 

One more Graduate from Biorem. Good work & Well done Eliab 


Sunday, May 5, 2013

Congrats Arge & Salvador


 
Congratulations to Arge & Salvador. Two more Grads from our lab. Both of them successfully defended their thesis with honors on 3rd May, 2013. It was nice to see their presentations & the spirit with which they defended their work to the queries of the examiners and those of the public.

Full credit for the good work of Salvador is due to the guidance and untiring efforts of Dra. Norma Margarita de la Fuente Salcido, Professor of our school as Director of his thesis. Congratulations from our lab to her and to Dr. Jose Eleazar Barboza-Corona, Universidad de Guanajuato, Mexico, Co-Director of Salvador's thesis. Well done Salvador, you are a part of us & our lab.

In the case of Arge, our thanks are due to Dr. David Huber, Professor, Department of Biology, West Virginia State University, Institute, WV, USA for his guidance as one of the Directors and his unconditional support to Arge in her thesis work and to our lab in general. The credit of Arge's work goes to him & with deep sense of gratitude we are happy to extend our warm congratulations to Dr. Huber. Excellent work & Well done Arge.
PS: Sorry for the delay in posting this happy news, which is due to the difficulty in getting a photo of Salvador on his D-day.



Sunday, March 10, 2013

23XandMe: Direct-to-consumer (DTC) genetic testing




I knew about 23XandMe a few days ago, since then I have been looking for information, wondering if it is a good investment. And I have not researched enough and possibly I do not understand half of what I've read, but I would like to share what I've seen.

This company (23XandMe), based in California, has already six years selling personalized genome tests. And last year this companyreceived extra money , which allowed a large cost reduction, from 300 to ~100 dls per test. But what exactly 23xandMe does?

Well, if you agree terms and conditions (exactly, those we never read), register and pay 99 dls, you will receive a box the very next day, like the one in the picture above, with a test-tube in which you have to spit 2.5 ml. Then you have to return your sample to the company (everything is included in the 99 dls). These people will perform a chip test of your DNA (Illumina OmniExpress Plus Genotyping BeadChip), analyzing your genome for 960 000 SNPs (it is estimated that in the human population there are about 10 million SNPs). Later (like two or three weeks later) in the webpage you will be able to see if these SNPs you have make you a person with high risk for diabetes or cancer. Also, the webpage will display your overall probable global origin and your Neanderthal percentage, maternal and parental lineages. There are around 200 traits you will know, but some require additional payments (most of them, actually). If you’d like to know more about the details of this kit, how it looks like, please visit this link .

At first it seemed to me something interesting, I thought it would be an opportunity to learn more about the other 50% of my genetic background, because in my case I do not know anything about that 50%, only the last name, but that has never been of much help. And in fact, I found somepeople that are adopt and bought the kit just for that very reason, to learn more.

But then I read that 23XandMe only analyze a few markersthat account for cancer. Besides, the comparison to determine if you are on average more prone to one illness or another is based on the database of the same company, which include something close to 200,000 people from a few countries (yes yes, we are in total over 7 billion, and counting).

In the webpage this product is announced under the slogan "knowledge is power" ... but I wonder, what power? power to whom?? If my results will be displayed as the sample below, what do exactly does that my DNA may be related to someone like Thomas Jefferson (whoooot?? Yeap, check the picture), what will be different if I know that the composition of my ancestry is mostly from Africa, or America ...





At least, for me at this moment, this is not much. And it is true, we do not need to sequence our genome to know that we have to eat healthy, do more exercise and sleep well in order to reduce illness risk (@moorejh, 2013).  I think, to some extent we have not understood how we work, how we interact with the environment, how our own genes interact, and that’s why predict is very risky, isn't it?
Or maybe it is not, because the technology 23XandMe is using is very (very) accurate. Although as I told you before, measuring and predicting the risk for breast cancer based on two markers that are known account for only 5% of the total incidence, does not give a sense of confidence.

But this does not stop here. The goal of 23XandMe is to increment its database from 200 000 to one million people, obviously, as long as these people allow their data to be used for research. Because that is something else, when you complete your registration you will be asked to accept your data to be used for research (although the webpage says the founders do not seek to publish any paper), apparently in the future the genetic material of a million humans could be used by other research centers to develop serious breakthroughs.

And recently, I saw that if right now, you find any variant that was not tested by 23XandMe, there is an algorithm (the imputationalgorithm), which enables you to calculate the possibility of such variant is in your genome, through a comparison with other databases, such as 1000 Genomes and HapMap. Isn't it amazing?

Now 23XandMe it is not the only DTC company, but as far as I know 23XandMe is the cheapest one, some others like deCODEme charge around 1000 dls (although for some reason deCODEme is not selling directly to consumer), I’d like to know if they test the same markers as 23XandMe.

For now I do not know what to conclude, on the one hand I find fascinating all this and I really want to see what will happen with these technologies, what’s next with the DTC companies. But on the other, I’m not convinced to be part of the million of genomes, first because I'm not rich and I can’t afford to spend 100 dls just out of curiosity, second because I know what I need to improve if I don’t want to get sick, and third, because knowing my paternal lineage will not change anything. Let’s see what happens this year with 23XandMe, let’s see if they manage to get one million genomes.

If you want to know more about 23XandMe, you can check the Wikipediaarticle, although it is not really good, it has useful references.

Saturday, March 9, 2013

SPACE.COM

Recommending a good website for those who are interested in astronomy or skywatching, or those who just like to see this kind of animations of the universe, just to realize how little we are.




Saturday, January 19, 2013

Aaron Swartz:Open Access

I really feel sad that we have a second post on loss of another precious life at a very short interval. I trust that knowledge of any individual is an accumulation of experiences, learning's, discoveries of many others of own and that of earlier and next generations. One can enrich this world by sharing it. Hope the life of Aaron Swartz inspires us to carry forward his vision. To know more on Aaron Swartz, please visit the following link (thanks to Prof. Jonathan Eisen, UC Davis)

The Tree of Life: RIP: Aaron Swartz (collection of news stories, articles, etc)