Thursday, December 15, 2011

Vielen Dank Sarahí !!!

Yesterday, we were fortunate that our colleague Sarahí L. Garcia could share with our group a bit of the work that she is doing at the University of Jena in Germany. Besides that, Sarahí shared with us her experience of studying in the U.S. and Germany, the way she applied for her doctorate scholarship & other things. We appreciate the time that you take to visit us Sarahí, Vielen Dank !!!

The Great Dictator


Some of the most liked quotes:

- Soldiers! Don't give yourselves to these brutes who despise you, enslave you; who regiment your lives, tell you what to do, what to think and what to feel! Who drill you, diet you, treat you like cattle and use you as cannon fodder!

- You, the people, have the power to make this life free and beautiful, to make this life a wonderful adventure.

- Let us fight for a new world, a decent world that will give men a chance to work, that will give youth a future and old age a security. By the promise of these things, brutes have risen to power. But they lie! They do not fulfil that promise. They never will! Dictators free themselves but they enslave the people!


Saturday, November 26, 2011


Yesterday, I experienced a human feeling often associated with something negative, the worst sensations in human behavior: ANGER, well in fact it was almost king of RAGE. The reasons, of course are personal, however, this event has make me reflect on the nature of anger, according to Jezova et al., (1995) rage occurs when oxytocin, vasopressin, and corticotropin-releasing hormone (CRH) are rapidly released from the hypothalamus. This results in the pituitary gland producing and releasing large amounts of the adrenocorticotropic hormone, which causes the adrenal cortex to release corticosteroids. The most amazing thing that I found was that oxytocin and vasopressin were related to anger, if oxytocin is mostly of the times called the "love hormone" and vasopressin, which is related to increase the blood pressure (now I realize, why I felt that my blood was boilling meanwhile I was playing my "rage-scene" (not-proud)), but related too, like CRH, to human behavior... so... Is this anger or rage, natural or common in human beings? Or is another i-dont-like inheritance of our pre-humans ancesters which we try to avoid?

I don't know, maybe is a non-desirable feeling, but... In fact is a feeling, that make us humans, am I right? Is like happiness and sadness... no?

Anger is an acid that can do more harm to the vessel in which it is stored than to anything on which it is poured.
Mark Twain

Anger is one of the sinews of the soul.
Thomas Fuller

Wednesday, November 23, 2011

Finalmente... ¿indignados mexicanos???

Hoy en la mañana me sorprendió ver por primera vez una protesta física en el Congreso del Estado contra el endeudamiento de Coahuila, y en cierta manera en contra de la clase política mexicana... y a parte con máscaras de Guy Fawkes.

De acuerdo a las noticias, estos indignados son artístas locales, antitaurinos y estudiantes, los cuales protestaron en contra del endeudamiento del estado, el incremento de los impuestos y las corridas de toros.

Me pregunto si algún día llegaremos a ver un "Occupy Bolsa Mexicana de Valores"

Por cierto, a la gente que está en favor de las corridas de toros: eso NO ES ARTE, NO ES CULTURA.

A todos los demás... disminuyamos o eliminemos nuestros consumos de carne (esas tambien son vidas).

Monday, November 7, 2011

Madame Curie

Joyeux 144eme Anniversaire, Madame Curie¡¡¡

Como estudiante, la vida de Marie Curie siempre me ha parecido fascinante, si no hubiera existido Marie Lavoissiere, consideraría llamarle la Madre de la Química a esta polaco-francesa, doble ganadora del Nobel, primera profesora de la Soborna en París, con motivo de su cumpleaños, quiero postear estos dos artículos que ví en el NYT ayer, el primero, muy interesante (algo que ya hemos comentado en el Lab) sobre el desinterés del estudio de las Ciencias Exactas; y los otros dos, sobre el rol de la mujer en la ciencia (que mejor manera de honrar a Madame Curie) y el status de ésta (donde éstan las mujeres en la Ciencia), por increible que parezca, jejeje están enfocadas en la Biología, haber que piensan mis compañeras sobre ésto:

The real 5th of November

Remember, remember the fifth of November,
The gunpowder treason and plot,
I know of no reason
Why the gunpowder treason
Should ever be forgot...

Really, this is one of my top 5 movies... V of Vendetta. Why? 'Cause I love dystopias, besides, there's Natalie Portman on it.

But, what many of us didn't know is the true behind the identity of this popular mask ... Guy Fakes... is this guy for real? does he try to blow up the british parliament? The answer for both questions is... YES.

On 5th November 1605 a York man, Guy Fawkes, was discovered about to ignite 36 barrels of gunpowder underneath the Houses of Parliament. His aim was to spark a Catholic revolution.

Fawkes was born in York in 1570, probably at a house in Stonegate. He was baptised in St Michael le Belfrychurch on April 13. His father Edward, a church lawyer and a prominent Protestant in the city, died when Guy was only eight years old.

His mother remarried, to a Catholic, and they moved to the village of Scotton, near Knaresborough. Fawkes’ schooling continued in York, at St Peter’s. His schoolmates included brothers John and Christopher Wright, who were later destined to join the gunpowder plot. Christopher, or ‘Kit’, was the same age as Guy Fawkes.

In the 1570’s and 80’s York was a centre of the Catholic resistance. About the time that Fawkes himself converted he would have been aware of a particularly brutal example of the religion’s suppression. In 1586 Margaret Clitherow was publicly executed for protecting Priests in her home.

As an adult Fawkes inherited property in York, at Gillygate and Clifton. But on his 21st birthday he sold his estate and enlisted in the Catholic Spanish army. He spent his next ten years fighting for Spain, becoming commander of a unit of soldiers and an expert in explosives. In Madrid Fawkes met up again with Kit Wright and they joined a group of conspirators, who together plotted to murder King James and replace him with a Catholic monarch.

The plan was audacious and brutal. The plotters hired a cellar under Parliament and smuggled in the barrels of gunpowder. Fawkes stood guard. It was his role to light the fuse, then head to Flanders to raise forces who would join in the Catholic uprising in England.

After his arrest Guy was tortured. His school-fellows, John and Kit Wright, died in November 1605 when they were caught with other conspirators at Holbeche House in Staffordshire.

Then, in January 1606, Guy Fawkes himself was put to death in Westminster by hanging, drawing and quartering. His remains were sent to the four corners of the Kingdom as a warning to other plotters.

Will there be a real modern Guy Fakes out in our complicated time?

Sunday, October 23, 2011

Occupy Wall Street - Environment & Science

How many times we haven't complained about the "injustices of the world"? how many times we haven't done anything to improve "these" things we do not like about society, life, & the world itself? All these questions came to my mind to see the latest PhD Comics, which is added to this post; removing the background of humor to the academia and students which characterizes this comic, for the second or third time... I began to think seriously about the phenomenon of the INDIGNANTS in Spain, NY, and now all over the world (Rome, Greece, Paris, to name the most "outrageous"). Definitely something is very wrong with the economic system that prevails in the world (finally I accept it), and is not that the other "ism's" (socialism, communism, communism in the XXI century, etc) have the reason.

Is this the beginning of the end of capitalism? What's next? In my very limited understanding of the global economy, it seems that a group of protesters in Battery Park or the Plaza del Sol would not shake the global economic system, but... hey!!!! Revolutions start with small & blinking sparks of ideologies that join towns and even the entire world to their philosophy, just ask Marie Antoinette, if she ever realize how the revolution that behead her, change the destiny of the World, if French Revolution had not detonated when it did, America would be very different from what it's today.

Let me hear what you think about all these changes in the World: Occupy Movements, World "Peace" (Gadaffi's dead, ETA's surrender, Iraq end of war, Mexico's drug war, etc)... this is the World that we are living, so like our Environment this will affect us (we are Microbiologist we know about this), in a personal & professional way... if we think that we work in a hard environment... pls read the Monod's Nobel Lecture... I was shocked when I realize that .. HE WAS WORKING ON BACTERIAL GROWTH DURING THE NAZI OCCUPATION OF FRANCE ... ¬¬ and we complain 'cause we work on Sunday¡¡¡ <--- speechless

So, please, let us (Biorem Lab) know what u think about our "today" environment and how this could or could not affect our relation with Science & Research.

Have a nice Sunday¡¡¡

Aldo, I miss our discussions a lot, I hope we can keep it hereby. & Happy BDay again¡¡¡

Sunday, September 11, 2011

Bon Voyage

Best wishes to Marina Montserrat Atilano Camino & Emilio Nafarrate Rivera for a happy journey and purposeful participation at IV International Conference on Environmental, Industrial and Applied Microbiology (BioMicroWorld2011) to be held at Malaga, Spain from 14-16, 2011. We hope that they will make use of this opportunity to better their professional career.

Wednesday, September 7, 2011

Bacterial interactions could save millions

This life is filled with amazing things.
Probably what amazes me the most is the interactions between organism or between molecules.
Our ancestors (including the LUCA) have found ways to channel the chemical interactions in our system towards certain goals for billions of years, and now we are just contemplating them and taking advantage of new ones. I leave this news note that i found fascinating.

Wednesday, June 29, 2011

Bon Voyage

Hoy nos deja Andre Paola Arias Muñoz, deja Biorem, deja México. Después de una estancia de cuatro meses y 19 días regresa a Colombia. Te felicitamos enormemente por haber concluido tu pasantía. El laboratorio (o sea todos nosotros) sabemos que no te vas con las manos vacías, aunque nos hubiera gustado que te llevaras más. Y sinceramente esperamos que tus metas sean alcanzadas tal y como lo deseas. Aunque no lo dudamos, ya que si por ellas trabajarás de la misma forma en la que trabajaste durante tu estancia en Torreón, seguro lo lograrás.
¡¡Mucha suerte Andrea!! Keep moving forward!

Esperamos verte muy pronto. Bon Voyage!

Sunday, May 15, 2011

Congrats Ale

Well done Ale. Our best wishes for lot more honors and laurels in your future, both in professional and personal. Your performance in TOEFL is another feather in your cap. Our best wishes are with you always to realize all your future dreams. But your constant efforts coupled with self-confidence is the only way by which you can realize all your dreams.

Felicidades otra vez, pero creo es el primero de muchos mas que vamos a felicitar usted en el futuro.

Wednesday, May 11, 2011

Software libre?

Antes que nada quiero pedir disculpas pues no usare acentos para esta publicacion y siento mucho los posibles dobles sentidos que de igual forma tratare de evitar.

En fin, recien he regresado a utilizar un sistema operativo de codigo abierto (Ubuntu 11.04) el cual funciona de maravilla a pesar de que es necesario batallar con algunos aspectos de incompatibilidades de hardware y con microsoft office (resalto office porque es ampliamente utilizado en usuarios de procesadores de texto), a lo que iba es que mi regreso a Ubuntu coincide con el uso de un programa estadistico que estamos utilizando en clase de bioestadistica. El dichoso programa no es gratis (no conozco el precio) y ante mi joven e inexperto impulso por aprender le cuestione a mi profesor sobre la opcion de utilizar algun programa estadistico de codigo libre, que podria dar la misma utilidad pero sin gastar algunos dolares (que a nadie le sobran). Mi pregunta hacia el Dr. surgio pues hace ya algunas semanas un recien PhD de no recuerdo que universidad, vino (arrivo, llego... changos todos llevan acento) a dar una conferencia sobre su trabajo en nanoparticulas metalicas en donde uso solamente programas de codigo abierto para crear complejas graficas de resistencias de materiales, metodos estadisticos y demas datos que hubo que procesar en su investigacion.

En fin, mi pregunta es: Es valido utilizar software codigo abierto para sustentar una investigacion?
No seria utilizar datos y/o procedimientos informaticos que cualquiera (cualquiera entre comillas pues los programas son bastante robustos) puede modificar? Se podria parecer esto a usar Wikipedia como referencia en cualquier manuscrito que se precie de ser confiable?

En fin dejo la siguiente pagina donde pueden revisar toooodos los programas que existen de ingenieria y ciencia

Tuesday, April 26, 2011

A 25 años de Chernobyl...

Sí, hoy 26 de Abril de 2011, el mundo conmemora el 25 aniversario del desastre nuclear de Chernobyl, y de qué manera... a más de un mes del terremoto y tsunami que debastó una parte de la costa norte de Japón, la crisis nuclear en el país nipón no ha terminado...

Quisiera mandarle a motivo de las discusiones que hemos tenido en cuanto a los progrados un artículo de Science que ví hace ya casi un mes, sobre los efectos de la tragedia en los centros de investigación japonesa:

Y terminar con una pregunta para que me dejen su opinión:

Definitivamente no es 100% segura la energía nuclear, esta sujeta al manejo de los humanos y todos cometemos errores (Chernobyl), añadiendo la fuerza de la naturaleza (Fukushima), el mundo debería cerrar inmediatamente todo programa relacionado con la producción de energía eléctrica en centrales nucleares?

Por cierto, si creen que hemos estado excentos de los problemas que ocasionó Chernobyl y los que ocasionarán Fukushima, chequen esto:

Monday, April 25, 2011

Continuing PhD

Today in Nature, a good article came out to continue our discussion.

Many points are discussed, along with the different problems and perspectives of a growing supply of PhDs.

What i can deduce from this article, is that an ever-growing PhD supply is not a problem in a country whose industry and academia increase exponentially, such is the case for China. India is even described as lacking PhDs in accordance to its growth, with only 1% of undergraduates continuing up to Doctorate studies.
It seems that developed countries are the only ones who face this over supply of doctorates. Therefore germany has shifted the concept of PhD to be a training degree. However i agree with the statement of Dr. Ng "I see a PhD not just as the mastery of a discipline, but also training of the mind,".

Another noticible fact is that the goverments and private sectors play with the decision of increasing and decreasing PhDs as if it was a game.

I was surprised by some quantities... I didn't know that one third of PhDs in the USA never finish at all.

Well lets see how this discussion goes... on a side note that is not related to this i leave you a song that i just heard and really liked

Wednesday, April 20, 2011

The Simpsons were right?

First check the video:


I never had a doubt about my future or the decision I took (profesionally speaking), and I won't start, but this is a really interesting article of Nature about the PhD system, I think that maybe doctoral programmes need to adecuate to the new circunstances of global community, and maybe there's many PhD programmes that need to be closed, but in the other hand there's a lack of research and resources to do it, in many other areas. I let you the link and hope to ear your comments:

Friday, April 15, 2011

Montse, V R PROUD OF U

El día Miércoles 13 de Abril, nuestra compañera M. Montserrat Atilano Camino, presentó su exámen profesional, el cual le otorgó el grado de Ingeniera Bioquímica, aparte de felicitarla por este logro, cabe mencionar que la defensa de su tesis le hizo merecer MENCIÓN HONORÍFICA.

Todos en BIOREM le deseamos lo mejor Montse, muchísimas felicidades.

Exámen Profesional APROBADO

Queremos felicitar a la Miss Agustina Ramírez Moreno, ya que el pasado Jueves 7 de Abril aprobó su exámen profesional, el cual le otorga el grado de Maestra en Ciencias, por parte de la Universidad Juarez del Estado de Durango.

La maestra realizó su proyecto de tesis - aislamiento y evaluación de cepas bacterianas amilolíticas en la Comarca Lagunera - en el Laboratorio de Bioremediación

Muchas felicidades AGUS¡¡¡

Tuesday, April 12, 2011

How often do you look at the sky?

Some days ago, our Colombian friend, Andrea, take some pictures of the Torreon's sunset, personally, I rarely look at the sky, Why? I don't know, but some (not too many) years ago, when I was a boy-scout, I used to spend hours looking the stars when we were on camping...

It seems to be an special link between the mankind and the stars (the Universe), how the old cultures have such strong relation whit them, food, architecture and religion were influenciated by that shiny things in the sky.

How many books, poems, poetry and others have not been written when people were amazed by the vastness of space... ???

All we know the famous quote of Albert Einstein, Two things are infinite: the universe and the human stupidity...

Today mankind celebrates a milestone in their history, the first human space flight. In a way, 50 years have passed since Russian cosmonaut Yuri Gagarin becomes a legend; yes, hard to believe, but there's only 50 years of difference between that first spaceflight and the current NASA´s proyects are oriented first to trying to find extraterrestrial life, in a way to explain life on Earth; and in the other hand, looking for a possible candidate for a new home or resource. Last week Houston received the first pictures of Mercury taken from orbit after 6 years of MESSENGER's space travel and one month ago NASA discover six new planets candidates to support life on it.

Well, I'll try to remember to look at the stars, first never stop of get amazed things in life and never stop to think that I can achieve my goals.

Saturday, March 26, 2011

La hora de la Tierra

¿Ustedes creen que esto de verdad funciona?

Buscando más del asunto descubrí que es un movimiento contra el cambio climático que se le ocurrió a los de la WWF, la World Wildlife Fund (Fondo Mundial para la Naturaleza en español), esa del pandita. Inició en Australia, y ahora se pretende que sea de una cobertura más global. Llama la atención, y creo que se ve como una oportunidad de eventos públicos importantes.  
Pero uno no se puede dejar de preguntar de qué se trata y para qué es, o si sirve de algo. En la pagina del movimiento (al final del post) dice que La hora de la Tierra no solicita que se apagen las luces esenciales. También dice que no es una iniciativa que busque la reducción en el consumo de energía, dice que es "una acción simbólica para alentar a las personas, empresas y gobiernos de todo el mundo a tomar responsabilidades de su huella ecológica y participar en un diálogo y en el intercambio de recursos que ofrezca soluciones reales a los probelmas ambientales"... y dice también que simboliza un compromiso... mmmmmm........

Pues qué les diré yo. Creo que no es más que un evento de motivación, un intento por mostrar a las generaciones futuras que tratamos de hacer algo. 
Si ya se han firmado compromisos para la reducción de las emisiones y la protección al ambiente en cumbres improtantes de carácter mundial, y todavía hay países (así como el mio, cuya capital está incluida en el movimiento) que no se ponen de acuerdo para reformar las leyes para la venta y uso de energía. No creo que 60 minutos sin luz ahora hagan la diferencia.

No digo que no haya que hacer nada, al contrario, esto de la motivación es una cosa importante. Y creo que esa puede ser la única ganancia de esta inicitiva. Que hoy un niño muestre interés y en el futuro se convierta en un lider con consciencia ecológica. Si lo vemos así el panorama no es tan gris, y se justifica esto de querer convertir a La hora de la Tierra en un evento global. ¿Qué piensan?

Más información:

Friday, March 18, 2011

¡¡Bon voyage, bon vogaye!!

El retraso no quita el entusiasmo ni la intención.

Queremos felicitar a Melisa Hermosillo y a Nadia Arguijo. Las dos acaban de partir para representar a la Escuela, al lab y a su trabajo en diversos foros. Melissa Hermosillo presentó exitosamente su trabajo sobre humedales artificiales en la Cumbre Bi-nacional de Saneamiento Fronterizo y Calidad del Agua: Los retos de hoy, las opurtunidades del mañana, en San Antonio, Texas. Dicha cumbre se desarrolló estos días, entre el 16 y el 18 de marzo.

Por su parte, Nadia Arguijo hace unos dias partió al World Congress on Biotechnology en la ciudad de Hyderabad, India. En este evento ella presentará su trabajo "Performance of two methanogenic consortia immobilized on natural support in methane production during co-digestion process".

Desde luego, a las dos nuestros mejores deseos y felicitaciones por estos logros. ¡Éxito siempre! :D

Sunday, March 13, 2011

Hablando de proteínas... había una vez

Así es, había una vez una familia que vivía muy unida. La llamaban la familia proteína. Vivían adentro de un huevo, que estaba en una granja donde había muchas gallinas (obviamente), además de vacas, cerdos y otros animales. ¡Ah claro! Y también estaba el granjero. 

En esa familia, la familia proteína, había muchos hermanos. Había una muchacha muy bonita llamada Lisina, también estaban Glutamito y Aspartito. No eran, como pueden notar, una familia como quién dice normal. Aquí no había lo que normalmente se llaman padres, abuelos, tios… no.  Aquí a todos los miembros de la familia se les decía aminoácidos. Había muchos, algunos más fuertes que otros, pero todos eran muy unidos  siempre para formar a la famosísima familia proteína.

De todos los aminoácidos, Triptofanito era el líder. Y a diferencia de todos los demás era muy curioso. Había escuchado que fuera del huevo existían otros reinos. Y el que más le llamaba la atención era el reino del Cuerpo Humano, de donde el granjero era el rey. Después de hablar con toda la familia todos estuvieron de acuerdo en emprender el viaje al lejano reino del Cuerpo Humano. Y así, un buen día la casa se movió, el techo se abrió y todos se movieron… estaban entrando en una caverna… la boca del granjero. Triptofanito brincaba de alegría…

Tal vez no tiene mucho qué ver con la nota anterior, tal vez a estas alturas no debería andar recomendando esta clase de lecturas. Pero es un buen cuento de Julio Frenk, “Triptofanito”. El primero cuenta la historia de nuestro aminoácido amigo y como se va involucrando en el cuerpo del granjero, después siguen sus aventuras con la célula. ¿Lo han leído? ¿Qué les pareció? ¿Les interesa leerlo? ¿Alguien se apunta para el resumen y la traducción al inglés?
De ser así, pueden mandarme un mail. 
¡Muchos saludos y buen inicio de semana!

Thursday, March 10, 2011

Breaking the 'lock-and-key' model paradigma ?

After learn about the structure of the proteíns and enzimatic activity, I personally belive that EVERYTHING about the protein functions was related to the 3-D configuration, in fact, looking for information about the relation of enzyme stability ligated to the Ca++, I found this news:

Sunday, February 13, 2011


Encontre una platica inspiradora, sobre disenios de arquitectura tomando como base a la naturaleza. Esa conferencia llevo a otra y a otra.
Termine asombrado, y con una excelente experiencia, verte tu crecimiento y luego ver como aun estan creciendo mas en otras partes del mundo. Esto agudiza tu sentido y te hace buscar mas opciones.
Nietzche una vez escribio sobre el conflicto entre la sabiduria y el conocimiento, y lleva a uno a la conclusion de que mientras el conocimiento es solo el almacenaje de datos y datos en tu cerebro o escritos, la sabiduria es la manipulacion de esos datos para hacer algo util o conveniente.
Estas platicas me recordaron esas palabras de Nietzche en cada diapositiva que cambiaban los expositores.
dejo los links para su regocijo

Saturday, February 12, 2011


En esta ocasión toca iniciar con el post de “bienvenida”.
En esta ocasión nuestro grupo recibe a Andrea Paola Arias Muñoz, estudiante de biología de la Universidad del Tolima, Colombia. Ella llega para incorporarse al grupo dentro de las actividades relacionadas a los proyectos de degradación anaerobia y estudio del comportamiento de los microorganismos involucrados. Esperamos que su estancia en nuestro país y en nuestro laboratorio sea de verdad muy provechosa.
¡Bienvenida Andrea!

Tuesday, February 1, 2011

¿Y el inicio?

Estudiando a fondo la estructura del ADN me puse a filosofar y como producto de las horas que llevo aquí estudiando me vino este pensamiento. En cuanto a genética, biología molecular y química todo parece perfección  cuando de ADN se esta hablando, el complejo desoxirribosa-fosfato-nucleótido queda como mandado a hacer con el -OH de la cadena naciente que lo espera acompañado de polimerasas y factores sigma sin el olvidar el as bajo la manga de las primasas (no se refiere a las hijazas del tillazo que regala nintendos en navidad) con su iniciador hecho de cadena sencilla pero de compleja y retorcida estructura que a veces parece de brazos abiertos y otras simplemente no se le haya ni pies ni cabeza.

Pues sí, todo esto parece fantasía. Es como si alguien me quisiera tomar el pelo y hasta me hiciera estudiar una MC para comprender algo que quizá inventó en un día  bien fumado (aunque los artículos digan lo contrario). A lo que mi post original iba es que sería excelente poder conocer el origen, el verdadero inicio, pues aunque Watson y Crick se mofaron de haber encontrado el secreto de la vida, yo me pongo amargado y un "poco" exigente y digo que aún no sabemos de donde salió el primer complejo desoxirribosa-fosfato-nucleótido que llevo a la necesidad de una ARN iniciador, que llevo a ... etc, etc.

Bueno pues, como quiera me sirvió para distraerme un poco de los que-haceres de la ciencia. 
Saludos a todos en Torreón!

Monday, January 31, 2011

Free genetic manipulation.

This is the summary of a summary.
Teachers in france have been offered the opportunity to teach their 16 year old students, how to genetically modify bacteria.
Agencies that advocate for strictier control of genitical engineering, such as CRIIGEN. They are concerned of modified E. coli cells, inserted with an ampicilin resistance plasmid, breaking out from the classroom to the environment.
But of course that those who manufacture E. coli manipulation kits, say that the practical is a useful tool for students and there is no risk in it. They sustain that the kit is equipped with sterilization procedures.
I support the opinion given by Valérie Sipahimalani, national secretary in charge of biology and geology for the National Union of Secondary Teachers. "Personally, I don't believe in teaching manipulation for manipulation's sake," she says. "More importantly, DNA takes a lot of time to explain — it is very complicated for secondary school-students to understand."

What do you think???


Wednesday, January 19, 2011

Open access journals

This past few months have been harsh on studies.
Budgets for scolarships and study incentives are being decreased on some parts of the globe. (

In spite of oportunities becoming more scarce, there are still a few things we can benefit of...
Someone had mentioned this to me before, but because of my unaware nature i didn´t look into it, but i found a lot of open access journals on this page...
Lets take advantage of it while we can.

Wednesday, January 12, 2011

Machines are taking over!!

The tittle is a little exaggerated for what the post is about.
I read a paper published on 2009 so it's old, however i found it interesting.
Reflecting upon it, led me to the next train of thought:

We are aware that in our knowledge as humans, there are still great gaps, and we are yet to unravel nature's mysteries. The universe reminds us of our unmatured minds everytime it throws data that contradicts previous established dogmas, and we experience a paradigm shift or change.
Even so, in my opinion the paramount of science is far away but our knowledge is still advanced, sometimes i think it might be too advanced. The way of how biological systems are unable to cope with the changes provoked by our advances is an indicator of that.
Nonetheless we keep pressing forward. But in reality we must recognize our dependency on machines, since with these paper one can see that without computers our minds are not ready to process all the information we generate, however unlike our fellow machines we are able to interpret the processed data.
The paper compares protein families of different phylums that have their species completely sequenced. It then concludes something we all know but no one had processed and published, that protein families are greater as the number of genomes increase in a phylum.... seems logical huh?
But something really amazing when the group reprocessed all the data of the 4 different phylums was that they found an actin homologues in Haliangium ochraceum ¿?¿? (cri cri)
It is surprising because actin is a protein of the cytoskeletal of cells that is found in all eukaryotes and eukaryotes alone, while in the other two domains that cell shaping protein is substituted by MreB. MreB is considered distantly related to actins.

I won't spoil anymore...
Give laud to bioinformatics


Wu et al. 2009. A phylogeny-driven genomic encyclopaedia of Bacteria and Archaea. Nature Letters, vol 462, 1056-1060.


Thursday, January 6, 2011

Nuevo Año: tiempo de pronósticos, tiempo de deseos

Del artículo de Van Noorder, Ledford y Mann en Nature [1].

Se ha publicado a penas el 31 de diciembre las predicciones de la revista Nature para el mundo científico este 2011. No sé exactamente por qué, pero el artículo me ha recordado al ritual ese de las doce uvas. Doce uvas, doce deseos, uno por mes.

Ya sé que aquí no son doce, son trece, y que lo que Nature puso no son deseos, son pronósticos. Pero yo digo que si los pronósticos son estimaciones o consideraciones realizadas bajo incertidumbre, ¿a poco en condiciones de incertidumbre no se piensa o considera también lo que se quiere o “se desea”?… entonces la analogía es válida.

Bueno pues, he aquí las trece uvas científicas de esta comunidad.

1. Visitar más a los abuelos. Así es, parte de esta búsqueda humana pretende conocer el pasado, no hay duda. El proyecto NEEM [2] (por sus siglas en inglés) estará dando información este año sobre las muestras de hielo recolectadas en el noreste de Groenlandia. Las muestras darán información del periodo interglaciar Riss-Würm [3], o sea hace como 115 000 años. Se espera que esto nos deje entender la dinámica de las condiciones climáticas y nos ayude a ver qué le vamos a hacer a este calentamiento global. ¡Suerte al equipo del NEEM!

2. Mantenerse en forma. Bien, pues si alguna vez se han comido las doce uvas antes del año nuevo seguro que mínimo una incluye “hacer ejercicio” o simplemente “cuidar la salud”. El proyecto GWAS [4] (otra vez por su nombre en inglés) que por lo que dice aquí busca las relaciones de los genes asociados a enfermedades en muchos individuos de una sola especie, avanzará provechosamente. El pronóstico es que para este año se hagan más esfuerzos y se entienda mejor la función de tales genes y de las regiones que al parecer no poseen función en el genoma con enfermedades como la obesidad y la diabetes. Así que ¡a cuidar la salud… a cuidar los genes!

3. No tomar tantos medicamentos. En la ola de lo natural las células madre están listas para más estudio. Ahora resulta que si todo sale bien este año se darán más pasos hacia el descubrimiento de nuevas medicinas para diferentes desordenes. Personalmente me pareció una uva muy interesante, esperemos pues…

4. Ahorrar. Hago un llamado a los terrícolas y demás interesados: ¡Ahorremos! El preció del genoma humano caerá a 1 000 dólares por genoma… por ahora no completo, pero lo tendré en cuenta. Me queda tiempo antes de que las nuevas máquinas y las nuevas técnicas lleguen y hagan que el precio fluctúe demasiado.

5. Estudiar más. Acabo de conocer la “existencia” del bosón de Higgs. Atentamente Wikipedia me ha explicado que es una partícula elemental de suma importancia en la comprensión de la física de las partículas, algo al parecer crucial para entender la estructura de la materia. Desafortunadamente la partícula no se ha dejado “pintar” en el Gran Colisionador de Hodrones (GCH) que está en Suiza. En esas andarán este año el equipo del Laboratorio Nacional Fermi (Fermilab). ¡Ánimo chavos!

6. No mentir. Nada será oculto ahora. Hay experimentos subterráneos, como el XENON100, que están a la caza de partículas de materia oscura, se espera que los resultados sean conocidos este año. No entiendo mucho de eso, pero suena muy interesante, estaremos al pendiente.

7. Darse de alta en el servicio de salud. Este 2011 traerá la aprobación de un medicamento para el tratamiento del virus de la hepatitis C por parte de la FDA. Buenas noticias para el 3% de la población mundial.

8. Comprar una casa. ¡Otra Tierra! Descubrí que quiero dedicarme a la caza de planetas. Fíjense que los cazadores de planetas de la NASA dicen que el telescopio Kepler revelará un planeta con condiciones similares a las de la Tierra, ¡pero igualito como la gota del agua! Porque hasta sol tiene. Los datos se publicarán este año. Esperemos, esperemos.

9. Hacer buenos negocios. Ándele, que ya se pueden hacer estudios multicelulares, donde a partir de la colonia entera es posible ver que una a una las células produzcan fluorescencia. Entonces no desde una célula, si no desde una colección de ellas se buscará conocer el trabajo en equipo que toda la colonia desarrolla en la generación de productos útiles. Bien por la biología sintética.

10. Viajar. ¿Quién no quiere viajar este 2011? ¡Todos queremos viajar! Pues la NASA también tiene planes para viajar hasta la Estación Espacial Internacional en abril y a lo mejor en noviembre. Ojalá también por aquí haya más “bon voyages”.

11. Ser amable con los vecinos. Y eso implica ir de vez en cuanto a darles la vuelta. La NASA está planeando para el 2011 algunas misiones al planeta rojo y a Júpiter. ¡Suerte NASA!.. ¡Llévame!

12. Estrenar. El laser más poderoso del mundo, en el NIF [5] (inglés otra vez) al parecer será estrenado este año. La palabra “militar” en un proyecto no sé por qué pero no me anima mucho. Una uva fea.

13. Darle mantenimiento a la casa. Se publicarán este año los resultados obtenidos de un satélite de la Agencia Espacial Europea, el cual que se diseñó para medir la gravedad de la tierra súper detalladísimamente. Con eso se irá monitoreando entonces los niveles que alcanzan los mares. A esperar nuevamente.

Listo 2011!! Ya veremos qué pasará.
Los remito a la nota de Nature [1]. Y también al podcast, aquí hablan sobre lo que pasó este 2010 y sobre el futuro también se discute. Además encontrarán los pronósticos que la revista hizo para el año que ya dejamos, muy interesante. Saludos y buen año.

[1] Van Noorder, R., Ledford, H. y Mann, A. 2010. Ney year, new science. Nature 469, 12: doi:10.1038/469012a.
[2] NEEM es The North Greenland Eemian Ice Drilling, más información aquí: (en inglés)
[3] No sé por qué, pero parece que los periodos interglaciares se nombran diferente en inglés y en español, Riss-Würm es equivalente a Eemian.
[4] GWAS es Genome-wide association study.
[5] NIF son las siglas de The National Ignition Facility.

Wednesday, January 5, 2011

"Because of their knowledge, scientific researchers have a power that makes them DANGEROUS" - Mexicans says...

Daunting news about the level of education and knowledge of the Mexican population, reveal that more than the half of Mexicans trusth "too much in faith* and barely in science".

I invite you to read this note of VANGUARDIA to know about the statistics obtained by CONACYT and discuss the issue:

My personal comment will be posted has a COMMENT to this POST ENTRY.

* The reference to faith is exaclty as the expressed in the articles above, BIOREMEDIATION LAGUNA GROUP respects all personal and religious belief, therefore avoiding the religious character mentions, we discuss science and related issues.